Im Jahr 1766 wurde der Rostocker Orgelbauer mit dem Neubau der Großen Orgel der Marienkirche beauftragt. Vorausgegangen waren ein Entwurf mit 59 Registern im Jahr 1765 und die Abnahme der Glowatz-Orgel. Letztlich erhielt die Orgel 62 Register auf vier Manualen und Pedal (zusätzlich war ein fünftes Koppelmanual installiert).

Die Orgel wurde am 2. Juli 1770 feierlich eingeweiht, ein Jahr später als vereinbart. Die Orgel war nach der Schnitger-Orgel von Hamburg St. Nikolai (1687) und der Hildebrandt-Orgel von Hamburg St. Michaelis (1770) die drittgrößte Orgel weltweit.
Das vierte Manual war mittels einer Haube schwellbar, außerdem gab es verschiedene Effektregister (Pauken, Glockenspiel).
Schmidt war von seiner Arbeit überzeugt, bald zeigte sich aber, dass vor allem die Windanlage nicht den Anspruchen an eine große Orgel in einem großen Raum genügte.

In 1766, organ builder Paul Schmidt of Rostock signed the contract to build a new great organ for St. Mary's church. Previously, a first design with 59 stops was elaborated and the Glowatz organ taken down. Finally, the organ had 62 stops on four manuals and pedal, an additional fifth coupler manual was provided. The organ was inaugurated on 2nd July 1770, one year later than agreed. It was the world's third largest organ then, following the Schnitger organ (1687) of Hamburg St. Nikolai and the Hildebrandt organ (1770) of Hamburg St. Michaelis.
The fourth manual division was made expressive by a movable hood, and several decorative stops (timpani, chimes) were provided.
Schmidt was very proud of his work, but time showed that i. e. the wind supply did not meet the demands of a large organ in a large building.

Hauptwerk. Erstes Clavier
1) Principal 16 Fuß
2) Quintadehna 16 Fuß
3) Viol di Gamba 8 Fuß
4) Octava 8 Fuß
5) Octava 4 Fuß
6) Octava 2 Fuß
7) Flauto 4 Fuß
8) Quinta 6 Fuß
9) Sesquialtera. 2Fach 3 Fuß
10) Octava resp. 4, 6 und 8Fach
11) Mixtur 4Fach
12) Mixtur 3Fach
13) Trompet 16 Fuß
14) Trompet 8 Fuß

Oberwerk. Zweytes Clavier.
1) Principal 16 Fuß
2) Gemshorn 8 Fuß
3) Flaut d'Amour 8 Fuß
4) Octava 8 Fuß
5) Octava 4 Fuß
6) Flauto 4 Fuß
7) Waldflöt 2 Fuß
8) Sesquialtera 2Fach
9) Mixtur 4Fach
10) Mixtur 3Fach
11) Fagotte 16 Fuß
12) Trompet 8 Fuß

Seitenwerk. Drittes Clavier.
1) Principal 8 Fuß
2) Borduhn 16 Fuß
3) Gedact 8 Fuß
4) Flauto Traversiere 8 Fuß
5) Flauto 4 Fuß
6) Octava 4 Fuß
7) Octava 2 Fuß
8) Quinta 3 Fuß
9) Tertia 1 3/5 Fuß
10) Mixtur 3Fach
11) Trompet 8 Fuß

Viertes Clavier,
welches auch nach Belieben zum Forte-
Piano gebraucht werden kan.
1) Gemshorn 8 Fuß
2) Flauto Traversiere 8 Fuß
3) Flauto d'amour 8 Fuß
4) Viol di Gamba 8 Fuß
5) Spitzflöte 4 Fuß
6) Waldflöte 2 Fuß
7) Trompet 8 Fuß
8) Vox humana 8 Fuß

Pedal.
1) Principal 32 Fuß
2) Untersatz 32 Fuß
3) Sub-Baß 16 Fuß
4) Violono 16 Fuß
5) Violono 8 Fuß
6) Octava 8 Fuß
7) Octava 4 Fuß
8) Neben-Octava 4 Fuß
9) Quinta 6 Fuß
10) Mixtur 4Fach
11) Mixtur 3Fach
12) Posaune 32 Fuß
13) Posaune 16 Fuß
14) Trompet 8 Fuß
15) Trompet 8 Fuß
16) Trompet 4 Fuß