Nach rund 40 Jahren erfolgten Veränderungen an der Windanlage. Die Arbeiten führte 1836 bis 1842 der Orgelbauer Heinrich Rasche (Rostock, später Doberan) aus. Da Erfolg ausblieb, arbeitete 1842 und und 1852 der Wismarer Orgelbauer Friedrich Wilhelm Winzer. (Unter seinen Mitarbeitern war August Neuburger, der sich handschriftlich in der Orgel verweigt hat. Neuburger hatte bei Friedrich Friese in Schwerin gelernt und wurde letztlich 1848 erfolgreicher Werkführer bei Aristide Cavaillé-Coll in Paris). Erste Dispositionsänderungen finden statt.

 

After 40 years, the wind supply was reworked by organ builder Heinrich Rasche of Rostock (later Doberan) from 1836 to 1842. Beeing unsuccesful, he was replaced by Friedrich Wilhelm Winzer of Wismar.  (Among the Winzer team there was August Neuburger, trained by Friedrich Friese of Schwerin. Neuburger finally became succesful workshop leader for Aristide Cavaillé-Coll in Paris in 1848).

1879 und 1885 arbeitete der Stralsunder Orgelbauer Friedrich Daniel Albert Mehmel an der Orgel.
Von 1886 bis 1911 war der Rostocker (Gehlsdorfer) Orgelbauer Carl Börger an der Orgel. 1905 baute er eine neue Magazinbalganlage (eventuell stammt auch das elektrische Gebläse schon aus dieser Zeit) und stimmte die Orgel einen halben Ton tiefer auf Kammerton. 1907 fügte er der Orgel ein Schwellwerk mit 16 Registern und 4 weitere Pedalregister hinzu. Dazu verwendete er pneumatische Kegelladen.

In 1879 and 1885, Friedrich Daniel Albert Mehmel slightly modified the instrument. From 1886 to 1911 Carl Börger of Rostock (Gehlsdorf) altered and augmented the instrument. In 1905 he built a reservoir bellow, it may be that the electric blower has already then been installed. He lowered the instrument's pitch a semitone to standard concert pitch. Finally, he added a swell division with 16 stops and 4 additional pedal stops. Pneumatic cone-chests have been applied.

1917 wurden im Zuge der Zinnpfeifenablieferung nicht nur die verlangten Prospektpfeifen entfernt, sondern insgesamt 42 Register bzw. 3.200 Pfeifen abgegeben. 18 Holzregister waren unbrauchbar geworden, so dass nur mehr 23 Register spielbar blieben.
1928 wurden hölzerne Pfeifenattrappen in den Prospekt eingefügt. Ende 1937 erfolgte die Auftragsvergabe für einen Neubau an die Firma Wilhelm Sauer Orgelbau, Frankfurt/Oder. Am 7. Juni 1938 wurden die Arbeiten begonnen und am 7. Oktober 1938 beendet.

In 1917, owner's of pipe organs all over the German empire were commanded to deliver the facade pipes to the authorities for purposes of ammunition production. St. Mary's organ not only lost those pipes required, but 42 stops and 3.200 pipes in total. As the delivered stops represented the baroque core material of the organ, this leads to the conclusion that a major rebuild was intended. 18 wooden stops have become unusable, so finally only 23 stops could be played.
In 1928, wooden mock-up pipes were installed into the facade's openings to give an illusion of a complete organ. At the end of 1937, the firm of Wilhelm Sauer Orgelbau, Frankfurt/Oder (then owned by Dr. Oscar Walcker), was awarded the contract to build a new instrument. Work commenced on 7th June 1938 and completed on 7th October 1938.